Babalibri nasce a Milano alla fine del 1999, per volontà di Rosellina Archinto - che nel 1963 già aveva fondato un'altra prestigiosa casa editrice per bambini: Emme Edizioni. Babalibri è una casa editrice italo-francese che risponde all'esigenza della francese L'école des loisirs (che pubblica esclusivamente albi illustrati) di trovare un riferimento editoriale in Italia. Questo impulso iniziale caratterizza la linea editoriale (curata in collaborazione con la figlia Francesca Archinto, psicologa e pedagogista) improntata sugli albi illustrati per l'infanzia. I primi dieci titoli che vengono pubblicati sono riedizioni dei primi dieci grandi successi della Emme, con il recupero dell'intera opera di Leo Lionni e di altri classici di autori e illustratori per l'infanzia, come Iela ed Enzo Mari e Maurice Sendak. Poi Babalibri decide di seguire una linea editoriale differente, concentrandosi nella ricerca di titoli già pubblicati all'estero da proporre al mercato italiano. La casa editrice milanese pubblica annualmente circa una ventina di novità. Il nome scelto inizialmente era "Alibaba", ma essendo già registrato da altri, è rimasto solo "Baba", a cui è stata aggiunta la parola "libri".